Setahun setelah melarikan diri Sword Art Online, Kazuto Kirigaya telah kembali ke dunia nyata. Namun, kedamaiannya berumur pendek karena sebuah insiden baru terjadi dalam sebuah game bernama Gun Gale Online, di mana seorang pemain dengan nama Death Gun tampaknya membunuh orang-orang di dunia nyata dengan menembak mereka dalam game. Mendekati para pejabat untuk membantu menyelidiki pembunuhan tersebut, Kazuto mengasumsikan kepribadiannya dari Kirito sekali lagi dan masuk ke Gun Gale Online, dengan tujuan untuk menghentikan si pembunuh.