Di masa depan yang tidak terlalu jauh, umat manusia telah maju ke tahap di mana transplantasi tubuh lengkap dari daging ke mesin dimungkinkan. Hal ini memungkinkan peningkatan besar dalam kemampuan fisik dan sibernetik, serta mengaburkan batas antara kedua dunia tersebut. Namun, para penjahat juga dapat memanfaatkan teknologi tersebut sepenuhnya, yang menyebabkan kejahatan baru dan terkadang, sangat berbahaya. Sebagai tanggapan terhadap metode-metode inovatif baru tersebut, Pemerintah Jepang telah membentuk Seksi 9, sebuah unit kepolisian yang beroperasi secara independen yang menangani kejahatan-kejahatan yang sangat sensitif tersebut.
Dipimpin oleh Daisuke Aramaki dan Motoko Kusanagi, Seksi 9 menangani kejahatan-kejahatan tersebut di seluruh spektrum sosial, biasanya dengan sukses. Namun, ketika dihadapkan dengan seorang peretas tingkat A baru yang dijuluki "Pria Tertawa," tim tersebut terlibat dalam permainan kucing dan tikus yang berbahaya, mengikuti jejak peretas tersebut saat ia meninggalkan jejaknya di Jepang.