Setelah kasus "Laughing Man" ditutup, Seksi 9 dibentuk kembali oleh Perdana Menteri Jepang yang baru terpilih, Youko Kayabuki, untuk memerangi ancaman terorisme siber yang terus-menerus.
Sebuah kelompok yang menyebut diri mereka "The Individual Eleven" telah mulai melakukan aksi teror di seluruh Jepang. Sementara Motoko Kusanagi, Daisuke Aramaki, Batou, dan anggota Seksi 9 lainnya menyelidiki ancaman baru ini, pemerintah Jepang menghadapi krisis terpisah, karena pengungsi asing yang terlantar akibat Perang Dunia Ketiga mencari suaka di Jepang. Tetapi ketika anggota tim operasi khusus terus-menerus bertemu dengan Gouda Kazundo—seorang anggota terkemuka dari Dinas Intelijen Kabinet—dalam perburuan mereka, mereka mulai curiga bahwa dia mungkin terlibat, dan bahwa peristiwa krisis pengungsi dan The Individual Eleven mungkin lebih terhubung daripada yang mereka sadari...