Pada suatu hari yang dingin di bulan Desember, Kyon tiba di sekolah dengan persiapan untuk kegiatan lain bersama anggota Brigade SOS-nya. Namun, yang mengejutkannya, ia mendapati bahwa hampir semuanya telah berubah total: Haruhi Suzumiya dan Itsuki Koizumi tidak ada di sana; Mikuru Asahina sama sekali tidak mengenalinya; Yuki Nagato adalah manusia biasa; dan Ryouko Asakura telah kembali secara misterius. Meskipun ia bukan orang asing bagi hal-hal supernatural, Kyon merasa terganggu oleh kejadian aneh ini dan memutuskan untuk menyelidikinya sendiri.
Menyadari bahwa dirinya adalah satu-satunya orang yang menyadari realitas sebelumnya, Kyon kini dihadapkan pada pilihan sulit: untuk akhirnya menjalani kehidupan normal yang selalu diinginkannya, atau menemukan cara untuk memutar kembali waktu dan memulihkan dunianya yang kacau namun familiar.