Pada tahun 1939, umat manusia berada di ambang kehancuran. Dilengkapi dengan senjata berdaya hancur yang dahsyat, ras alien misterius, yang dikenal sebagai Neuroi, memulai invasi ke Bumi, menghancurkan planet ini, memusnahkan negara-negara, dan mengalahkan pasukan manusia. Untuk melawan kekuatan yang tampaknya tak terhentikan ini, kekuatan-kekuatan dunia bersatu. Sebuah perangkat baru diproduksi, yang disebut Unit Striker, yang mampu menghadapi teknologi Neuroi. Gadis-gadis yang dilengkapi dengan Unit Striker dikenal sebagai Penyihir, membentuk garis pertahanan terakhir umat manusia. Mereka memulai perjuangan mereka melawan Neuroi, memanfaatkan kemampuan sihir mereka yang kini telah ditingkatkan, memamerkan senjata penghancur yang tidak dapat ditangani oleh manusia.
Beranjak ke tahun 1944—Yoshika Miyafuji adalah seorang gadis remaja yang akhirnya memutuskan untuk bergabung dengan Sayap Tempur Gabungan ke-501, yang dikenal sebagai "Penyihir Striker." Namun, tanpa pelatihan formal, dapatkah Miyafuji belajar bekerja sama dengan sesama Penyihir Striker? Dan jika demikian, dapatkah dia menyelamatkan umat manusia dari serangan Neuroi?